法院查封是合法的。因为虽然买卖双方签订了协议，支付了购房定金，合同也是合法有效的。但是，房屋没有过户，房屋的产权仍然属于卖房人所有，卖房人有债务纠纷，卖房人的债权人就可以要求法院查封卖房人的房屋。卖房人在没有偿还债务的情况下卖房，属于逃避债务，债权人及时申请法院查封，是保护自己的合法权益，法院绝对会支持的。所以，法院查封房屋是对的。
