鼻咽癌的病因中最重要的一个因素是EB病毒（人类疱疹病毒），临床上已经证明在鼻咽癌活检瘤细胞中检测到EB病毒的DNA和病毒抗原，鼻咽癌患者的血清中大多有EB病毒抗体浓度的升高，而且这种病毒与病变好转或恶化呈正相关；在鼻咽癌发病的地区聚集性反应了同一地理环境和生活饮食习惯与鼻咽癌发生有关，调查发现鼻咽癌高发区的土壤、水、大米中镍含量高于其他地区，鼻咽癌患者头发中的镍的含量亦高，高镍含量饮食可能是鼻咽癌发病的促进因素；另外家族性外周血淋巴细胞染色体畸变可能是鼻咽癌遗传易感性的相关因素；吸烟，慢性炎症，高盐饮食，常熬夜，常压力大，常吃油炸熏烤或腌制食品导致内分泌失调，机体功能混乱，免疫力下降也是致癌的重要因素。
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