从你的所说的情况看，该单位代扣了营业税及附加、地方性税收（上海为河道管理费）
800元以下不交个税，那么就只扣了营业税及附加、地方性税收。营业税税率5%，城建税为营业税的7%，教育费附加为营业税的3%，上海的河道管理费为营业税的1%。算下来就是5%+5%*（7%+3%+1%）=5.55%,四舍五入就是5.6%了。
因此这个算法是合理的。
而收入超过800元，则需要按照劳务费个人所得税的缴纳方式缴纳了。
依据《上海市人民政府办公厅关于本市河道工程修建维护管理费征收事项的通知》（沪府办发〔2006〕9号）， 一、凡在本市行政区域范围内缴纳增值税、营业税、消费税额的单位和个人（以下统称缴费者），均须按规定缴纳河道工程修建维护管理费。二、自2006年1月1日起，河道工程修建维护管理费继续按当年实缴增值税、营业税、消费税税额的1%征收。
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